細胞のアルゴリズムと細胞デザインと興味の矛先の話

昨日、遺伝研の講演会を聞きに東大まで行ってきました。

弾丸で行ったので飛行機の時間的にきつかったんですが、楽しかったので良かったです👯。

 

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見に行ったのがこんな感じのやつ。

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簡単に遺伝研の説明をしますと、

国立遺伝学研究所(こくりついでんがくけんきゅうじょ、英:National Institute of Genetics)は、情報・システム研究機構を構成する静岡県三島市にある大学共同利用機関総合研究大学院大学生命科学研究科遺伝学専攻があり、大学院教育も行われている。遺伝学研究所内に日本遺伝学会事務局が置かれている。2014年度まで、国家事業であるナショナルバイオリソースプロジェクトの事務局も置かれた。 

 

国立遺伝学研究所は、生命科学分野における中核研究機関として国際水準の先端的研究に取り組んでいる。また、生命科学を支える中核拠点として、バイオリソース事業、DDBJ事業、DNAシーケンシング事業を行っている。

研究所の敷地内には研究用として多数のの木が植えられており、市民から桜の名所として親しまれている。桜のシーズンの毎年4月に行われる一般公開は多くの人でにぎわう。

 

-- 国立遺伝学研究所 - Wikipedia

こんな感じ。

日本における生物学、とりわけ遺伝界隈での最高峰の研究機関で、基生研生理学研究所とかと並んで総合的な大学院大学を形成しているところですね。

 

そこで、若手の研究者(30-40代くらい)で、より新しい分野(バイオインフォマティクスとか)の研究をしている人たちに研究室とメンターを付けて、新たな分野の開拓を行おう!って言う試みが10年前に始まって、それの報告会的なものでした。

 

今回行った目的は一つ。

 

 細胞建築研究室 木村暁教授に会いに行くこと! 

 

でした😤

(会いに行くことだけが目的ではないんだけど、まあいいか。

 

 

 木村教授の研究内容はおもに3つで

  • 核が細胞の中心に配置する仕組み
  • 細胞のサイズに合わせて細胞内構造の サイズが変化する仕組み
  • 細胞質流動の方向が揃う仕組み

を解明することでして。

 

で、これを行うために、細胞の3Dモデリング、流体シミュレーションなどをやられています。

これってすごい革新的な話で。

今までだと、細胞の話って、

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こんな感じの二次元で話が進むことが多くて、今でも三次元で細胞を扱ってるところってあまりないと思います。

 

それを例えばCADあたりを使って3Dモデリングするとか、プログラム書いてシミュレーションとか、本当に日本のそれこそ木村先生みたいな方が初めてやったんじゃないかってレベルです、これホント。

 

で、これで何が出来るようになるかっていう話なんですが、言葉をお借りすると、

細胞骨格がもたらす力が、核や染色体、細胞質にどのように作用して細胞が建築されるかを理解すること”

が出来るようになる”かも”しれません。

 

細胞を組み合わせることによってできている生物の根本的な仕組み、手法自体はまだほんの数%しか解明されていませんが、これが出来ることにより、飛躍的な進歩が期待できるかな、というところです。

 

 そもそも木村教授を知ったのは来月うちの大学である、学外から人を呼んで講義をしてもらうっていう授業で木村先生が話される内容を見て知ったんですけど。

ちょうどその日東京にいて、まじか…と思ってネットを漁ってたら3日後に東京で講演会があると。

これは行くしかない!と思って行ったのが昨日でした。(往復35000痛かった…

 

 

 余談なんですけど、そもそも自分が遺伝研の存在を知ったのは中学校の時で、遺伝研って静岡県の三島にあるんですよね。

 

Map of Shizuoka Prefecture

これがみんな大好き静岡県の地図なんですけど。

 

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ここが遺伝学研究所。

 

 

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でここ実家。

 

なにが言いたいかって言うと、めちゃくちゃ近くて、中学のあたりは、大人になったらここで働くんだ〜とか考えていた感じでした。

 

 まあそんなことを思ったり思わなかったりしていた内に高校行って大学で生物を専攻して、遺伝学研究所のことはすっぽり忘れていたんですけど、たまたま縁があって今回講演会を見つけて興味がある分野だったので行ってきましたと、いう話なんですが。

 

 

 なんで、この”細胞建築学”って言う分野に興味があるかっていうところで言うと、自分がものすごく好きな生物の仕組みがあって、それが

アポトーシス

っていうんですけど。

生物に関わってる人にとっては、なんだそれかよ、みたいな事象なんですけど。

 

アポトーシスっていうのは、

アポトーシスアポプトーシス[1] (apoptosis) とは、多細胞生物の体を構成する細胞の死に方の一種で、個体をより良い状態に保つために積極的に引き起こされる、管理・調節された細胞の自殺すなわちプログラムされた細胞死(狭義にはその中の、カスパーゼに依存する型)のこと。ネクローシス(necrosis)の対義語として使われる事が多い。

Apoptosis の語源はギリシャ語の“απόπτωσις”, apoptosis アポプトーシス:「apo-(離れて)」と「ptosis(下降)」に由来し、「(枯れ葉などが木から)落ちる」という意味である。英語では[ˌæpəˈtoʊsəs,ˌæpəpˈtoʊsəs][2]と発音されるが、この語が最初に提唱された論文では2番目のpを黙字としている[3]

-- アポトーシス - Wikipedia

 

簡単にいうと、プログラムされた自己細胞死ですね。

自分で自分の細胞を殺すんです。

 

自分的にデザインとか建築学に近いなと思っているのはここら辺なんですけど、生物ってすごいんですよ。 

デザインで黄金比って有ると思うんですけど、生物にもそれがあって。

幾何学とかで表される部分で。

karapaia.livedoor.biz

こんなのとか。

 

カッコいい。

自然の理の美しさというかなんというか。

すごく良いじゃないですか???

  

人間で言うと、昔猿だった時のしっぽの名残の尾てい骨とか、水かきがあったところのアポトーシスによってできた手のムダのない皮の設計とか。

 

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↑ ココらへん

 

うわあああああ、かっこいいいいい。。。

 

ってなりません???

なりますよね???

 

まあこれは個人的な話なんですけど。

そう、そんな生物愛というか細胞愛というかそういう部分が刺激されまくった日でした🤔

 

 

 講演を聞いたら、院進もありだな、と思って、というかここ最近院進もありだなと薄々感じてはいたんですが。

 

個人的に尊敬している方で、ペパボの松本さんという方がいて。

blog.hifumi.info

記事に出てくる松本さんのキャリアキーノートは研究と就職で悩んでいる人は絶対読んだほうが良いと思う話なんだけど。

 

これを読んで、研究者と狭義でのシャカイジン(アカデミックなことではなく働く人)、そのどちらも欲張っていいんじゃないかと思っていて、リモートワークが社会的に認められてきているなかで自分の生き方に制限をかけることはなくて、自分がやりたいことを全てやるっていうこともしてもいいんじゃないかと思っていて。

 

そう、つまり今悩んでいるんだけど…

 

院進して、その分野で成果を出すっていう選択肢もあるし、シャカイジンとして働いてみてやっぱりやりたくなったら研究するのもありだし、ずーっとシャカイジンとして生きていくっていうのもありだなと思っていて、難しいですね、うん。

多分どれを選んでも自分的には良いなと思えて、どれをとってもあっちが良かったかもしれないけど今も十分楽しいと思えるというか。

何をしても正解に出来そうでとても楽しいっていうことなんですかね、言いたいことは。

まあまだ悩むと思うんだけど。

 

デイル ドーテンの”仕事は楽しいかね?”で、あらゆることをしてみて、いつのまにかなるようになっているって言ってたから、試行錯誤していても何をしていても全てが正解なんだなと今は思っているので考えて考えて行動して行動してっていうのをずっとして痛いなと思っております。

 

 

 

 

なんか中身なくて、しかも意識高い感じに終わってていやだな…ま、いっか。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

深さというか深みというかそういうの

ふと深さってのが俺にはないなと思ったんですけど。

広く浅くとか、深い思考というか、なんというか。

 

某起業家氏のエントリーがなんかまあすごく深く入り込んでる考え方だなと思ってそれを見てから書いてるんですけど。

 

イメージ、イメージだけで言うと、みんな人が、人の皮をかぶっているだけのなんか獣っぽい感じだとしたら、その人は内に潜めるタイプのあれじゃなくて、それを外に出してるタイプというか。

で、俺とか一般的な人だと内に秘めてるだけだから意味があるようで意味が無いって言う、ね。

何となく伝わるのかな、なんとなく伝わる気がする。

 

で、最初の話に戻るんですけど、深さの話。

この深さっていうのが、ここで言うところの外とか内の話で。

個人的な考え方なだけなんですけど、ここでいう外に出てるっていうのは自分の中の心情が溢れ出してるから、もうあまりにも思いが強すぎて、それを成し遂げないと死んでも死に切れん!!!!!、とか思ってるのかなあと。

 

で、そこでいうと自分がそんなに深さを持ててないというか。

その深さを持っていたら、高みと言うか、次のレイヤーに上がれるというか、そんなことを思ってました。

宗教みたいなもんですかね??

 

そう、そんなことを思ってたんですけど。

多分それはいろいろな要素があいまったり、外部要因だったり、タイミングだったり色々有ると思うので、ゆるゆるとそれを育てていきたいなと。

 

そんな感じ。

 

 

 

 

 

 

 

 

また中身ないな。

細胞の構成要素をプログラムするプログラミング言語に関する論文を読んだら、「あれ?これ人が実験する意味あんの??」と思った話。

2016年4月頭の世界的科学雑誌、Scienceにこんな論文が上がりました。

Genetic circuit design automation | Science

japanese.engadget.com

 

わりとその界隈だと話題になったので御存知の方も多いかもしれません。

生物系の学部に所属する身としてはへえ、すごい、どんな理論なんだろう。

そう思い、調べてみました。

 

簡単に言うと、車輪の再発明はしなくて良くなりそう。

くらいですね。

 

理学系の分野って基本的に仮説検証改善のサイクルを回す”だけ”だと思っているんですけど、個々に人為的ミスって出てくるじゃないですか?

それを考えたら間違いなく作業感が出てくるところはしなくていいと思うんですよね。

その部分を自動化できれば他の、まああんまりこの言葉自体は好きではないんですけど、クリエイティブなことに時間を注げると思うんですよね。

そしたらもうす〜ぐいろんなことが出来ると思います。

 

ソレくらい宝の宝庫であり宝の持ち腐れなんですよ、現状が。

 

まあそこまでに色々な障壁があって導入に時間がかかるとは思いますが(10年位)、アメリカあたりが率先して導入してくれるんじゃないスカ(適当

 

ちなみにいうと多分まだ技術的には完成していなくて、大腸菌はモデル生物だから色々なところで使われているので、その界隈では良いかもしれないんですけど。

まあそれだけで完結はしないので、早く全生物に普遍的に使える用になって欲しいですね、実験したくない。

 

ちなみにこの論文が言っていることは、元から細胞を作るようにプログラムされた制御因子から作られてる回路を使って細胞はプログラミングできたんだけど、使いづらいからGUIにしたよ!ッて感じ。

 

まだ、この論文、技術の真理みたいなところは理解できてないんだけど、ふんわりした感じで言うと、生物学分野の人でなくてももっと生物の実験できるよ、むしろ若いうちからこういう感じで生物に慣れ親しんでね!ッて感じですかね、多分。

 

この後も続々こんな感じのがトレンドになって5年位は隆盛するかもですが、多分そんなに盛り上がらずに収束するような気もする、むしろ一般企業とかが入ってきて早めに改善を加えて欲しいですね、って言う希望的観測で締めます。

 

おわり。

 

3月のライオン読んだ

 結論、3月のライオンはとても良い。

羽海野チカさんは天才。

 

そういうことだった。

いろいろ思うことが出てくる、想像を掻き立てられて、自分と対比して、そんなマンガ。

読んだほうが良い。

 

そう、最近同期の人がWebエンジニアになりたいって言ってたので某知り合いのエンジニアの会社に話を一緒に聞きに行ってその後飲んできた。

 

まあボクシング的に言うと最初はひゅっひゅって戦えてたけど、後半はひたすらジャブを打ち続けられて瀕死だったようだった(本人の所感は知らない、旗から見た感想として。)。

 

まあそれはそうだろう、博士、修士高専の人しかいなかった飲み会で話についていけたほうがすごい、俺も全然ついていけなかったと思う。

 

まあ別にそれは良い、おいおい学ぶものだろうと思う。

 

と思ったんだがその次の日に聞いてみたらまた別のものに変わっていた。

まあそれはそれでいい。

 

それはそれで良いんだけど、とても見通しが甘いと思って見通しが甘いといった。

見通しが甘いと思ったら言うのが優しさなんではないか、というか思ったことは言うタイプなので言ったのだが、なかなか話が通じず言わなければよかった。

 

別にディスってるとかではなくて、まあ後ろ向きでも前向きでもどっちでもない話なんだけど。

 

なんというか、何か職業になりたいと思ってなるのはなんか違うと思うしそれがしたいと思うならすればいいけどしてなかったり、なんか昔の自分のようだなーと思った。

 

少し戻るけど、どうしたいの?、というのを会社の方から友達が聞かれている時、なんとか自分の言葉を言語化しようとしていて何度も何度も自分の言葉に詰まっていて、頑張ってるんだろうな、きついんだろうな、と思いつつ、大学入るうちでもっともっと試行錯誤してもっと自分の考えを起こせるようになっていたら、今後なれたら良いと思うけどな〜、と少し上から、5年一緒の大学にいる身として、そんなことを思った。

 

まあ良いんだけど、応援したいと思うし、なんでもできることはするけども。

 

期待しないほうが良いんだな〜ってのと少し悲しいな〜ってのとそこは達観しておかないといけないのかな〜てのとが交錯して考えるのが面倒くさいですね。

 

そこでいうと3月のライオンはなかなかよく出来てる話だなーと思うのが、将棋しかない、家庭と将棋の両立、とかとか。

いろんな立場があってどれが正しいとかではないけど、俺はこの人が好きだし感情移入できる、って言う人が多分一人はいるから面白いよ。

 

って言う落ちがない話。

今日

なんとなく今日あったことを書こうと思ったので書いてみる。

 

今日は7時半に目が冷めた。

3時に寝たわりに起きるのは早かった、なんでか。

アポ、と言うか面接は10時からだった。

後二時間半も寝れる。寝た。

起きたら9時54分だった。

慌てて鏡を見て、よし、このレベルの寝癖ならイケる。

そう思ってPCを開いた。

スカイプ面接だった。

なんというか、すごく心地良い面接だった。

”君はすごく楽しそうに話をするね。”

こういうのがほっこりというのかもしれない。

少し、いやだいぶ嬉しかった。

 

 その後大学に行った。

どうやら明日から授業があるらしい。

6コマくらい取る。

後一年しかいないのだからもっとたくさんとっても良いような気がした。

けど朝起きれないからな…夜型ってのはあれだ、少しそんなところもある。

 

 そんなことを思って研究室に行くと、先日無菌処理した種子が白色から緑色になっていた。

少し嬉しい。

後もう少しで芽が出るかもしれない。

がんばれがんばれ。

 

 最近はコード、と言うかアルゴリズムRubyの勉強をしている。

プログラミングテスト用だけど。

わりと楽しくなってきた。

やりたいことをしたらやりたいようになる。

その時が一番楽しい。

夜くらいからはより本格的な?アルゴリズムを書き始めると思う。

よいよい、楽しい楽しい。

 

そう、そんな日だった。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

またオチがない。

今年度の目標を立ててみようと思った

今年度の目標、そんなものを立ててみようと思う。

まあ概してこういうのはあまりうまくいかない。

と思うのですごく振り幅の大きい目標を立ててみようかと思う。

こんな感じ。

”とりあえず手を動かそう”

以上ですね。

とても簡単だ、うむ。

しかしこれを毎日続けるというのはとても難しい。

であればどうしようかと考えた。

とりあえず、その月のうち3週間ほどで読む本をキメよう。

決めた。

今月はこれ。

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プログラミングテスト用にこの二冊で今月は行きたいと思う。

 

この場合、初めてのRubyを一旦全部読んで、そこから問題を1日5問ほど、計20日程で終わらせる予定。

が、多分これ終わらない。

から一ヶ月の残り10日を補完部分としてとりたいと思う。

 

なんか内容がないことをさくさく書いてしまった。

とりあえずこれでやってみて改善していきたいと思う。

休学が終わって明日から普通の大学四年生だからポエる。

もう一年立つのか、早いな〜と思って横浜のスタバでゆるゆる書いてますね、これ。

この一年色々あったのでそれの話とかをゆるゆる書きます。

 

 今年は、割と後ろ向きから始まったんですけど。

思いの外楽しかったですね。

インターンしたり、起業の二人目のフェーズでサービス作ったり、各種イベントに行ったり、グサグサ刺されて辛かったりね。

 

最初の方でいうと、Hackersbarって言う六本木に有るライブコーディングを見れるbarのオーナーと一緒にSwift書いてましたね。

すごくいい経験が出来たなと思います。

エンジニアの基礎的な部分をすべて叩きこまれてわからない事をわかりにいった時期でした。

就職してから何かしら貢献したり飲みに行ったりしたいな。

エンジニアにとっては天国みたいなところなのでぜひ行ってみてください。

hackers.bar

 

その後はご縁があってトランスリミットで働いていましたね。

そこでもSwift書きつつAWS少し触ったり、色んな角度からプログラミングの概念的部分を学ばさせていただきましたね。

ずーっとCTOの横でコーディングしていて、柔らかい雰囲気の中で、ああ、こういう人がトップエンジニア何だな、かっけーな、って思える方とお会いできてとても良かったなと思っています。

株式会社トランスリミット

 

で、働きつつYAPCに行ったりTry!Swiftに行ったりね。

いやーすごい人はたくさんおるなーと思いましたね(小並感

yapcasia.org

try! Swift

 

で、今ですね。

研究しつつ就活しつつ勉強しつつッて感じ。

そうですね、最後の一年間は、Python,Go,JS,Ruby,Swiftあたりで自分でサービス作りつつ、いろんなサービスを触りつつ就活もキメて、インターンとかはまだ考えてるけど、ゆるゆる行きたいなと思ってます、ほぼ引きこもりですね、うん。

 

京福岡熊本静岡あたりでユルユルしてるのでご飯でも行ってくださいな😊

 

では~